日本最早被祭祀的是在日本沖繩那霸市明朝的永樂223年(1424年),當時瑞琉球王國的唐榮(營)稱她為〈下天妃宮〉。大約在十四世紀,和中國朝貢貿易開始的時候,從福建帶來的〈上天妃宮〉為更古老。現在,在那霸至聖廟內被祭祀為〈天妃宮〉。那霸市久米的上天妃廟跡只有石門還保留著,在天妃小學校內。
http://www.geocities.jp/ryuuko5/210kumetenpi.html
除此以外,在日本久米島也有媽祖被祭祀。
元祿9年(1699年)從日本水戶發祥地遷入青森島大間町大間稻荷神社。現在,在大間町大間稻荷神社也有媽祖被祭祀。從平成8年起,每年7月20日實施天妃遊行。
http://www.jomon.ne.jp/~oomas/
日本茨城縣北茨城市磯原天妃山
(參考)

http://www.geocities.jp/gotos_room/_geo_contents_/tenpisan.html
茨城縣大洗町
茨城縣小川町
千葉縣佐原市荒川
神奈川縣箱根町___箱根觀音福壽
http://www.geocities.jp/hakonekannon/
大阪市勝山路2丁目
神戶市中山手路7丁目
長崎縣平戶市川內町
長崎縣長崎市鍛治屋町___崇福
http://tencoo.fc2web.com/jinja/xns-sofuku.htm
長崎縣長崎市寺町
長崎縣長崎市西阪野2丁目
鹿兒島縣笠沙町的野間神社,廢佛毀釋以前稱為野間許可權,近世初,從與娘媽神一起被祭祀開始,被稱為娘媽許可權。﹝http://tabetabe.hp.infoseek.co.jp/kasasakikou2-3.htm